Período Muromachi (1338-1573)
A decadência do governo de Kamakura atiçou a cobiça de seus inimigos. O imperador Godaigo, com a ajuda da classe guerreira, executa sucessivos golpes para restaurar o poder efetivo da família imperial. Após muitos conflitos e tentativas fracassadas, obtém êxito, finalmente, no ano 1333. Toda a família Hojo e seus vassalos morrem em guerras ou praticando o harakiri, ao constatarem a derrota. Esse episódio fica conhecido como Restauração de Kemmu.
Ao subir ao poder, o imperador vai contra a corrente histórica da evolução: tenta restaurar o antigo regime imperial, Ritsuriô, que já havia sido descartado e superado. Além disso, na premiação dos vassalos que o ajudaram a derrotar o xogunato, Godaigo comete visíveis injustiças, como tomar propriedades de outros samurais.
Nessa situação, o líder samurai Ashikaga Takauji vira-se contra o imperador e força-o a escapar para Yoshino, ao sul de Kyoto. Takauji estabelece um novo imperador e usa o seu poder para, em 1338, nomear-se o novo xogun. A base do xogunato Muromachi ou Ashikaga foi estabelecida em Kyoto.
Assim as duas Cortes, a de Yoshino, no Sul, e a de Kyoto, no Norte, hostilizam-se violentamente em conflitos armados, por 57 anos. Em 1393, durante o governo de Ashikaga Yoshimitsu, Gokameyama, o então imperador de Yoshino, é forçado a ceder o poder à Corte do Norte. Acaba dessa forma a rivalidade entre as duas facções e completa-se a organização do xogunato dos Ashikaga.
O xogunato passa então a atuar como governo central. Entretanto, o poder efetivo restringe-se às províncias mais próximas de Kyoto, e, mesmo nessas, vai perdendo a influência com o passar do tempo.
A economia desse período, bem como o cultivo da soja e do chá, desenvolve-se bastante. Novas técnicas agrícolas aumentam a produtividade e o comércio se expande. Isso provoca o desenvolvimento de mercados, cidades e novas classes sociais.
No decorrer da Guerra das Duas Cortes, os antigos governadores militares (shugo) evoluem e transformam-se em poderosos líderes guerreiros locais. Esses chefes ficam conhecidos por daymiô, que, ao pé da letra, significa "grande proprietário", ou simplesmente senhor feudal. Os daymiô passam a contratar guerreiros locais para a formação de seus próprios exércitos. Esses samurais tornam-se vassalos dos senhores feudais, tendo que servi-los em troca de pagamentos e proteção.
A liberdade que o governo central outorgou aos senhores feudais tornou-os autônomos nos limites de seus territórios, embora ainda formalmente subordinados ao xogun. Passam então a disputar territórios entre si. Os mais ambiciosos e habilidosos assumem o controle de diversas províncias, reduzindo por conseqüência o poder do xogunato.
Com a crescente decadência do poder central, e o desinteresse do oitavo xogun, Yoshimasa, pela política, irrompe a chamada Rebelião de Onin, em 1467, marcando o começo de um período de sangrentas guerras interfeudais. Os secretários de Estado Hosokawa e Yamana, que já se desentendiam, recorrem às armas pela supremacia no poder. As duas facções contam com samurais do próprio xogunato e camponeses contratados para juntar-se às forças. Em lugar de recompensa, ganhavam o direito de incendiar e pilhar cidades. O palco do conflito foi Kyoto, a capital, que em poucos anos encontra-se completamente destruída e em ruínas.
Estavam assim estabelecidos o caos e a lei do mais forte. Traições tornaram-se comuns até mesmo entre senhores e vassalos, baixando em muito os padrões de moral dos samurais. Camponeses organizavam revoltas contra o xogun, que já então não passava de um simples daimyo. Com a descentralização do feudalismo nipônico, inicia-se uma época de conflitos, riscos e incertezas. A Guerra de Onin durou mais de cem anos, com poderosos daimyo tentando sucessivamente reunificar o território nipônico, transformado então em um conjunto de províncias autônomas. Nesse período conturbado surgem como nunca diversos clãs de ninjas, que se tornam peças-chave nas lutas interfeudais.
Apesar dos incessantes conflitos que caracterizaram essa época, a arte japonesa desenvolveu-se bastante. O estilo arquitetônico, as pinturas (particularmente influenciadas pelo Zen-budismo), poesias e canções dessa época experimentam significativo florescimento. A cerimônia do chá (Chanoyu) e a arte de arranjar flores (Ikebana) desenvolveram-se bastante nessa época. O teatro é sofisticado com o surgimento do dramático Nô e Kyogen. Juntos com o Kabuki, surgido posteriormente, o Nô e o Kyogen são as formas teatrais mais representativas do Japão.
Em 1543, pela primeira vez o Japão tem contato com o mundo ocidental. Um navio português desembarca na ilha de Tanegashima, ao sul do Japão. Com ele vinham centenas de mosquetes, as primeiras armas de fogo a serem introduzidas no país. No começo os samurais desprezaram tais armas, pois foram consideradas uma tática covarde: não era mais necessário o combate corpo-a-corpo para se derrotar o inimigo. Com o tempo, entretanto, a tecnologia supera a tradição e as armas passam a ser fabricadas em diversos pontos do país.
Em 1549, o jesuíta Francisco Xavier introduz o Cristianismo no Japão. O Catolicismo obtém relativo êxito no oeste do Japão, e junto com ele o comércio com países europeus.
Os portugueses e demais europeus não tinham os mesmos hábitos higiênicos dos japoneses, como o de tomar banho, e sempre desembarcavam ao sul do país. Por causa disso ficaram conhecidos como "Bárbaros do Sul"(Nanbanjin).
