Período Azuchi-Momoyama (1573-1603)
Com a influência do xogunato reduzida a praticamente nada, muitas foram as tentativas fracassadas de poderosos daimyo em unificar o Japão sobre o próprio poder. O perspicaz general Oda Nobunaga foi o primeiro a obter sucesso.
Nobunaga conseguiu o controle da província de Owari em 1559. Localizado estrategicamente, consegue tomar a capital em 1568, acabando de vez com os últimos vestígios do enfraquecido xogunato Muromachi e restaurando o poder da corte imperial.
Estabelecido em Kyoto, continua a eliminar os seus adversários, entre os quais estavam algumas facções budistas militares, especialmente a seita Ikko, que havia se tornado poderosa em diversas províncias. Nobunaga então destrói completamente o monastério Enryakuji, próximo a Kyoto, em 1571, e continua lutando contra a seita Ikko até 1580.
Nobunaga empregou a nova tecnologia dos mosquetes para triunfar nos conflitos contra o clã Takeda, um de seus principais rivais. Durante a batalha de Nagashino, em 1575, seus exércitos se valeram dessas armas para vencer uma poderosa cavalaria samurai, destruindo por completo o clã Takeda.
Em 1582, Oda Nobunaga é assassinado por um de seus próprios vassalos, Akechi, que aproveita a situação para tomar o castelo Azuchi. O general Toyotomi Hideyoshi, que lutava por Nobunaga, age rapidamente e derrota Akechi, assumindo o controle. Hideyoshi então continua os esforços de Nobunaga pela unificação. Conquista as províncias do norte e Shikoku em 1583, e Kyushu em 1587. Finalmente, em 1590, derrota a família Hojo e reúne todo o Japão sob o seu controle.
Para garantir sua permanência no poder, Hideyoshi adotou uma série de medidas. Destruiu vários castelos, construídos durante o período das guerras civis. Estabeleceu uma clara distinção entre os samurais e as demais classes, proibindo-os de trabalharem como lavradores. Em 1588 confiscou todas as armas dos camponeses e de instituições religiosas, na chamada "Caça às Espadas". Em 1590 fez um levantamento das propriedades dos senhores feudais em função da produtividade de arroz. No mesmo ano recenseou a população e concluiu as obras do seu castelo em Osaka.
Após a unificação, o Japão torna-se um país muito mais pacífico, acabando, por fim, as guerras interfeudais. A população se concentra nas cidades, o que serve para aumentar o comércio e a cultura urbana.
Empolgado com o sucesso na unificação do país, Hideyoshi por duas vezes tenta conquistar a Coréia. Contudo, as duas tentativas fracassam. Em 1598 as forças japonesas deixam a Coréia. Nesse mesmo ano, Toyotomi Hideyoshi morre.